Знакомство с линейными моделями (с основами R)

О курсе

Задача курса познакомить слушателей с одним из самых важных инструментов обработки научных данных — статистическими методами, основанными на линейных моделях (регрессионный, ковариационный анализы). По мере освоения курса, в режиме погружения, планируется обсуждение большого круга смежных вопросов, таких как планирование экспериментов, представление первичной информации в формате, доступном для экспертной оценки, и визуализация результатов. Центральная особенность курса – это использование для изложения материала возможностей языка статистического программирования R. Знакомство с этим мощным средством позволит слушателям организовать свою работу в стиле воспроизводимого исследования (reproducibleresearch), что является одним из ключевых требований к современной исследовательской работе.

Ссылки и ресурсы

• Исходный код в RMarkdown
• Другие ресурсы и книги для изучения R и статистики

До начала курса

До начала курса нужно установить эти программы:

• R (это сам язык R) с сайта CRAN
• RStudio (это среда разработки для R, в которой мы будем работать) с сайта RStudio. Вам нужна Desktop версия.

Когда вы все это установите, запустите RStudio и в окне консоли (Console) выполните комманды, которые приведены ниже, для установки пакетов. Конечно, можно все эти пакеты установить одной общей коммандой, но лучше, если вы сделаете отдельными коммандами, т.к. так будет проще понять, если какой-то пакет вдруг не получится установить.

# То, что мы будем использовать
install.packages("ggplot2")
install.packages("plot3D")
install.packages("grid")
install.packages("gridExtra")
install.packages("scales")
install.packages("readxl")
install.packages("plyr")
install.packages("pwr")
install.packages("effsize")
install.packages("car")
install.packages("MASS")
install.packages("DAAG")
install.packages("ISwR")
# то, что мы не будем непосредственно использовать, но будем упоминать:
install.packages("knitr")
install.packages("xtable")
install.packages("dplyr")
install.packages("tidyr")
install.packages("reshape2")
install.packages("multcomp")

Еще один пакет можно установить, если вы хотите иметь возможность экспортировать таблицы данных из R в Excel файлы. Он называется XLConnect. Чтобы он установился, нужно чтобы на вашем компьютере была Java Runtime Environment (часто она уже есть). Тогда вы сможете установить в R пакеты rJava и сам XLConnect

install.packages("rJava")
install.packages("XLConnect")