Протеомика с использованием R

Расписание и контакты

• Варфоломеева Марина Александровна — e-mail: marina.varfolomeeva[]gmail.com, telegram: @varmara
• Мальцева Арина Леонидовна —

До начала курса

Установите пожалуйста R (R Core Team 2018) и RStudio (RStudio Team 2019). Запустите RStudio (с правами администратора, если вы в Windows) и, для начала, установите несколько пакетов. Для этого в консоли RStudio выполните следующие команды:

# Из репозитория CRAN
install.packages(c("ggplot2", "gplots", "fpc", "pvclust", "Hmisc", "RColorBrewer"))

# С сайта Bioconductor
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("Biobase", "prot2D", "impute", "pcaMethods", "limma", "hexbin"))

Прочие пакеты для R будем устанавливать по мере необходимости.

Если что-то не получается — пишите.

Ссылки и ресурсы

• Исходный код в RMarkdown
• Другие ресурсы и книги для изучения R и статистики
• Правила хорошего кода

Темы

О модуле Анализ протеомных данных

Протокол анализа данных

1.Знакомство с R.

• Данные (Kikuta et al. 2009):
  • expression_3.csv
  • expression_3.xlsx
  • expression_3.zip

2.Предварительная обработка данных.

• Код к этому занятию

• Данные о протеоме жабр гребешка Pecten maximus от авторов пакета prot2D (Artigaud et al. 2013):
  • pecten.xlsx
  • pecten.zip
• Данные о протеоме сыворотки крови пациентов, страдающих разной степенью гиперплазии предстательной железы, из пакета digeR (Fan et al. 2009):
  • prostate.xlsx
  • prostate.zip

3.Классификация белков и проб.

• Код к этому занятию
• Данные те же
• Пакеты (инсталлируйте при необходимости)

# Из репозитория CRAN
install.packages(c("dendextend", "ape", "vegan", "pvclust", "gplots", "NMF"), dependencies = TRUE)

4.Дифференциальная экспрессия.

• Код к этому занятию
• Данные о протеоме жабр гребешка Pecten maximus из работы Artigaud et al. 2015
  • Prot_Br_H_T.csv
  • Prot_Br_H_T_factor.csv