Ресурсы

Это архивная версия курса. Последний раз этот курс был прочитан осенью 2022г.

Программы для работы

С сайта Comprehensive R Archive Network cran.r-project.org нужно скачать

R — интерпретатор языка R, программа, которая позволяет вам выполнять скрипты, написанные на языке R.
RTools — только для пользователей Windows. Это набор утилит для компиляции пакетов R из исходного кода. У пользователей других операционных систем обычно есть все необходимое или его можно легко доставить.

RStudio — среда разработки для R (в октябре RStudio станет Posit). rstudio.com
Если возникнут какие-либо проблемы при установке, то в качестве замены можно воспользоваться RStudio Cloud— это облачная версия RStudio (25 часов в месяц на бесплатном тарифе). rstudio.cloud

Планирование научных исследований

Может быть это и детская книга, но уж очень хороша:

Нинбург, Е. А. (2006). Технология научного исследования. Методические рекомендации (Vol. 1). Всемирный фонд дикой природы (WWF) - Россия.

Специализированные книги про планирование экспериментов:

Barnard, C. J., Gilbert, F. S., & MacGregor, P. K. (2007). Asking questions in biology: A guide to hypothesis testing, experimental design and presentation in practical work and research projects. Pearson Education.
Glass, D. J. (2007). Experimental design for biologists. Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Ruxton, G. D., & Colegrave, N. (2006). Experimental design for the life sciences. Oxford University Press Oxford.

Статистика

Эта книга — очень хороший учебник статистики начального уровня для биологов. Сжатое, но доходчивое изложение, прекрасные иллюстрации, много задач. Кажется, вышло уже даже и третье издание.

Whitlock, M., & Schluter, D. (2015). The analysis of biological data (Second edition). Roberts and Company Publishers.

Другие книги по статистике, не такие увлекательные, хотя и среди них есть чудесные:

Гланц, С., 1998. Медико-биологическая статистика. М., Практика.
Quinn, G.G.P., Keough, M.J., 2002. Experimental design and data analysis for biologists. Cambridge University Press.
Sokal, R.R., Rohlf, F.J., 1995. Biometry (3rd edn). WH Freeman and company: New York.
Zar, J.H., 2010. Biostatistical Analysis. Prentice Hall: New York.
Zuur, A., Ieno, E.N. and Smith, G.M., 2007. Analyzing ecological data. Springer Science & Business Media.

R — базовые знания

Cookbook for R — сайт книги Winston Chang
Cheat-sheet по RStudio от RStudio
Очень краткая шпаргалка по R Cheat-sheet по базовому R от Mhairi McNeill
Более подробная шпаргалка R reference card от Tom Short
Data import cheat-sheet

R-графика

R Graphics Cookbook — книга Winston Chang
Руководство по ggplot2
Cheat-sheet по ggplot2 от RStudio
ggplot2 Quick Reference: colour and fill
ggplot2 Quick reference: shape

Статистика на R

Кабаков Р.И. R в действии. Анализ и визуализация данных на языке R. М.: ДМК Пресс, 2014
Diez, D.M., Barr, C.D. and Çetinkaya-Rundel, M., 2015. OpenIntro Statistics OpenIntro.
Logan, M., 2011. Biostatistical design and analysis using R: a practical guide. Wiley
Maindonald, J., Braun, J., 2006. Data Analysis and Graphies Using R: An Example-based Approach (Cambridge Series in Statistical and Probabilistic Mathematics). Cambridge University Press.
Teetor, P., 2011. R cookbook. O’Reilly.
Zuur, A., Ieno, E.N. and Smith, G.M., 2007. Analyzing ecological data. Springer Science & Business Media.