Презентации и данные

Планирование экспериментов

• Презентация pdf

Знакомство с R

• Презентация html
• Код 1.2_introduction_code.R
• Данные 1.2_temperature.csv

Дополнительные материалы:

• Cheat-sheet по RStudio от RStudio
• Очень краткая шпаргалка по R Cheat-sheet по базовому R от Mhairi McNeill
• Более подробная шпаргалка R reference card от Tom Short
• Data import cheat-sheet

Графики в R

• Презентация html
• Код 1.3_intro_ggplot.R
• Данные fev.xls

Дополнительные материалы:

• Cookbook for R — сайт книги Winston Chang
• Руководство по ggplot2
• Cheat-sheet по ggplot2 от RStudio
• ggplot2 Quick Reference: colour and fill
• ggplot2 Quick reference: shape

Описательная статистика

• Презентация 2.1_descriptive_statistics.html
• Код 2.1_descriptive_statistics_code.R
• Данные 2.1_diatome_count.csv

Тестирование гипотез

• Презентация 2.2_hypothesis_testing.html
• Код 2.2_hypothesis_testing_code.R
• Данные data/2.2_aml.csv

Анализ мощности

• Презентация 2.3_power.html
• Код 2.3_power_code.R
• Данные
  • remission.xlsx
  • urine.xlsx
  • Cushings.xlsx

Множественное тестирование

• Презентация 2.4_multiple_comparisons.html
• Код 2.4_multiple_comparisons_code.R
• Данные fake_expression_samples.csv

Оценка взаимосвязей: корреляция, линейная регрессия

• Презентация 3.2_lm.html
• Код 3.2_lm_exerc.R
• Данные
  • hellung.xls
  • secher.xls
  • kfm.xls
  • catsM.xlsx
• Упражненияb
  • 3.2_lm_exerc_2.R
  • 3.2_lm_exerc_3.R

Условия применимости линейной регрессии

• Презентация 3.3_assumptions.html
• Код 3.3_assumptions_code.R
• Данные
  • orly_owl_Lin_4p_5_flat.txt
  • catsM.xlsx
  • calcium.xlsx
  • progesterone_Brutsaert_et al_2002_lm.xlsx
  • GAGurine.xlsx
  • mutations_Kong_et_al_2012_lm_assumptions.xlsx
• Упражнения (разбор готового кода)
  • 3.3_assumptions_Ex_calcium.R
  • 3.3_assumptions_Ex_progesteron.R
• Упражнения (написание кода)
  • 3.3_assumptions_Task_GAG.R
  • 3.3_assumptions_Task_Mutations.R

Множественная линейная регрессия

• Презентация 4.1_multiple_lm.html
• Код 4.1_multiple_lm_code.R
• Данные
  • Prostate.xlsx
  • loyn.csv
  • SAheart.xlsx
• Упражнения (разбор кода)
  • 4.1_multiple_lm_Ex_Loyn’s_bird_data.R
• Упражнения (написание кода)
  • 4.1_multiple_lm_Task_SAheart.R

Выбор моделей

• Презентация 4.2_model_selection.html
• Код 4.2_model_selection_code.R
• Данные
  • Prostate.xlsx
  • loyn.csv
  • SAheart.xlsx
• Упражнения (разбор кода)
  • 4.2_model_selection_Ex_Loyn’s_bird_data.R
• Упражнения (написание кода)
  • 4.2_model_selection_Task_SAheart.R

Дискретные предикторы в регрессионных моделях

• Презентация 5.1_categorical-no_interactions.html
• Код 5.1_categorical-no_interactions_code.R
• Данные
  • vitcap2.csv
  • goats.csv
  • fev.xls
  • cats.xlsx
  • hellung.xls
• Упражнения (разбор кода)
  • 5.1_no_interaction_Ex_fev.R
• Упражнения (написание кода)
  • 5.1_no_interaction_Task_cats.R
  • 5.1_no_interactions_Task_Infusoria.R

Взаимодействие дискретного и непрерывного предикторов

• Презентация 5.2_categorical-continuous_interaction.html
• Код 5.2_categorical-continuous_interaction_code.R
• Данные
  • Puromycin.xlsx
  • birthwt.csv
  • cats.xlsx
  • nitrofen.xlsx
  • iris.xlsx
• Упражнения (разбор кода)
  • 5.2_interactions_Ex_nitrofen.R
• Упражнения (написание кода)
  • 5.2_interactions_Task_cats.R
  • 5.2_interactions_Task_iris.R

Практикум по анализу данных

• Упражнения для самоконтоля:
  • 6.1_Control_Task.R
  • fev.xls
  • picture.jpg
• Упражнения (разбор кода)
  • 6.2_lm_power_simulation_Ex_catsM.R
  • 6.2_interactions_Ex_Loyn’s_bird_data.R
  • 6.2_among_individual_variability_Ex_sleepstudy.R
• Данные
  • loyn.csv
  • cats.xlsx
  • sleepstudy.xlsx